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/ Aminet 6 / Aminet 6 - June 1995.iso / Aminet / misc / sci / prosite.lha / Prosite / data / PDOC00713 < prev    next >
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Text File  |  1995-03-04  |  2.1 KB  |  44 lines
  1. *******************************************
  2. * Prokaryotic transglycosylases signature *
  3. *******************************************
  4.  
  5. Bacterial lytic transglycosylases degrade murein via cleavage of the beta-1,4-
  6. glycosidic bond between N-acetylmuramic acid and N-acetylglucosamine, with the
  7. concomitant  formation  of  a  1,6-anhydrobond  in  the  muramic acid residue.
  8. Escherichia coli  has  at  least  three different lytic transglycosylases: two
  9. soluble isozymes  of 65 Kd and 35 Kd and a membrane-bound enzyme of 38 Kd. The
  10. sequence of  the  65 Kd enzyme (gene slt) has been determined [1]. A domain of
  11. about 90  residues  located  near  the  C-terminal section of slt was recently
  12. shown [2] to be present in a number of other prokaryotic and phage proteins:
  13.  
  14.  - Phage  T7  internal  protein  D  which  may be involved in the lysis of the
  15.    bacterial cell wall during the release of phage progeny.
  16.  - Phage PRD1 gene 7 protein.
  17.  - Alteromonas strain M-1 possible tributyltin chloride resistance protein.
  18.  - Escherichia coli hypothetical protein yafG.
  19.  - Escherichia coli hypothetical protein yfhD.
  20.  
  21. The domain  shared  by  these  proteins  could  be  involved  in     catalytic
  22. activity. The  most  conserved part of this domain is its N-terminal extremity
  23. which we used as a signature pattern. It contains two conserved serines and  a
  24. glutamate which has been shown [3] to be involved in the catalytic mechanism.
  25.  
  26. -Consensus pattern: [LIVM]-x(3)-E-S-x(3)-[AP]-x(3)-S-x(5)-G-[LIVM]-[LIVMFYW]-
  27.                     x-[LIVMFYW]-x(4)-[AG]
  28.                     [E is the active site residue]
  29. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  30. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  31.  
  32. -Expert(s) to contact by email: Koonin E.V.
  33.                                 koonin@ncbi.nlm.nih.gov
  34.  
  35. -Last update: June 1994 / Text revised.
  36.  
  37. [ 1] Engel H., Kazemier B., Keck W.
  38.      J. Bacteriol. 173:6773-6782(1991).
  39. [ 2] Koonin E.V., Rudd K.E.
  40.      Trends Biochem. Sci. 19:106-107(1994).
  41. [ 3] Thunnissen A.-M.W., Dijkstra A.J., Kalk K.H., Rozeboom H.J., Engel H.,
  42.      Keck W., Dijkstra B.W.
  43.      Nature 367:750-753(1994).
  44.